Я пытаюсь разобраться в том, каким образом строитель-подрядчик, работающий по муниципального контракту, передаёт документы заказчику. Можете подсказать о методах, которые на данный момент применяются?

Насколько я знаю, раньше все бумаги заполнялись вручную, и генеральный подрядчик пересылал их заказчику. Однако, сейчас для этого уже наверняка специальное ПО используется.

Так и есть. На сегодняшний день стала действительно популярной система ВИС-ИСУП, поскольку она является на самом деле удобной, и вполне надёжной. Когда у Вас будет свободное время, прочитайте эту статью academy.tsus.ru/9-preimushhestv-raboty-v...lya-genpodryadchika/ . В ней изложено много реально полезной информации по поводу преимуществ такой системы.