Родной фильтр на моём тракторе вроде и работает, но кажется, что можно лучше. Стоит ли его менять или есть варианты доработки?

Если хочешь улучшить, можно поставить предфильтр или более качественный фильтр с увеличенной пропускной способностью. Ещё нужно обязательно правильно подобрать корпус воздушного фильтра:
irilit.ru/
И всё будет работать хорошо.