Я сам недавно строил подобную конструкцию. Для бруса 100х100 однозначно рекомендую использовать глухари (сантехнические болты) в сочетании с шайбами. Они обеспечивают очень прочное и надежное соединение. Саморезы, конечно, тоже можно использовать, но для более легких элементов.
Что касается фундамента, то здесь лучше всего использовать анкерные болты. Они надежно фиксируют брус к бетону. Кстати, по своему опыту могу сказать, что очень удобно покупать крепеж из нержавеющей стали оптом вот здесь
tmk-krepeg.ru/cat/nerzhaveyushtiy-krepezh/ особенно если планируется большой объем работ. В итоге выйдет дешевле и не придется бегать в магазин в процессе работы.