Читал что при строительстве очистных важно чтобы подрядчик отвечал за весь цикл, а не только за монтаж. Есть ли компании которые так работают.

Да, есть компании которые выполняют полный комплекс услуг начиная от предпроектных исследований и заканчивая эксплуатацией. Проверенный пример ekonsalting.ru. Они основаны в 2009 году и хорошо зарекомендовали себя на рынке благодаря системному подходу и современным методам.